大学院では、修士論文を作成することが、なにより重要なミッションです。
　修士論文への指導は、毎週、指導教員による課題研究（ゼミ）が行われます。ゼミでは、研究論文を講読したり、研究経過を報告したり、ゼミ生同士でディスカッションを行いながら、進めていきます。
　コース全体としては、修士１年目の12月初旬に修士論文のテーマ発表会、修士2年目の5月と10月の2回、中間指導会を実施しています。

（修士論文題目の主な例）

・ ASD特性が就労継続に与える影響についての研究―就労者ASD困り感尺度・自己効力感尺度を用いた―般就労者を対象とした検討―
・ 特別支援学校におけるカリキュラム・マネジメントに対する学部主事の意識構造とその影響要因
・ 放課後等デイサービスにおける不登校状態を呈する発達障害生徒への支援に関する事例的検討
・ 小学校特別支援学級における問題解決力を高める行動コンサルテーションの効果の検討
・ 特別支援学校におけるこれからの特別活動(健康安全・体育的行事)の在り方に関する検討
・ 小学校就学前後における微細協調運動に関する研究―読字・書字との関係に着目して―
・ 学校に行くことができない子どもたちに対するコミュニティ学習センターの役割―ウランバートル市での調査から―
・ 知的障害特別支援学校の各教科等を合わせた指導における各教科等の視点の意識に関する研究―目標設定段階と評価段階に着目して―
・ 視覚特別支援学校寄宿舎における情報共有に関する研究
・ 教員養成課程の学生における発達障害についての意識と知識、経験の関係性について―1回生と4回生の比較検討をふまえて―